Доктор Санаулла Джунеджо розпочав свою медичну кар'єру після завершення ступеня бакалавра медичних наук (MBBS), продовживши навчання в післядипломній освіті з кардіохірургії в Національному інституті серцево-судинних захворювань (NICVD) у Карачі. Після трьох років спеціалізованої підготовки він приєднався до команди кардіохірургів у лікарні Саут-Сіті у 2014 році, працюючи разом з професором Шахідом Самі. Відтоді він працює асоційованим кардіохірургом і наразі є доцентом в Університеті медичних наук Доу в Карачі.